轉錄組測序服務介紹:
轉錄組測序可分為mRNA測序、lncRNA測序、circRNA測序、miRNA測序。
1、mRNA測序:對特定組織或細胞在某個時期轉錄出來的所有mRNA進行測序,即可研究已知基因,也能發掘新基因。
2、lncRNA測序:lncRNA是長度超過200nt的長鏈非編碼RNA,通過與DNA、RNA或蛋白質結合,在表觀遺傳、轉錄及轉錄后等水平調控基因表達。lncRNA測序主要分析研究細胞或組織在某個特定時期轉錄出的所有lncRNA和mRNA。
3、circRNA測序:circRNA是最近新發現的一類特殊的非編碼RNA,其獨特的環狀結構使其能夠逃逸RNAse酶的降解,具有很強的胞內穩定性,在研究疾病的發病機制與治療等方面有重大的研究意義。
分析內容:
標準分析 |
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· 數據質控:去除接頭污染和低質量數據 數據統計:與參考基因比對率、測序深度和覆蓋度 差異檢測:差異基因檢測,注釋和統計 |
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高級信息分析 |
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miRNA |
lncRNA |
circRNA |
1、靶基因預測及網絡圖 2、Novel miRNA預測 3、miRNA與mRNA關聯性分析(需有mRNA數據) |
1、lncRNA靶基因分析 2、cis/trans作用分析 3、lncRNA與mRNA共表達分析
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1、circRNA結合位點預測 2、circRNA與mRNA共表達分析 3、circRNA來源基因富集分析 |
定制化分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容 |
樣品要求:
1、純度:OD 260/280值在1.9-2.2之間,RNA 28S:18S≥1.5,推薦RIN≥7;DNA應該去除干凈。
2、濃度:最低濃度不低于100ng/μl。
3、總量:每個樣品總量不少于7μg。
4、運輸: RNA用凍存管保存,并用干冰或液氮運輸。
測序方案:
mRNA/lncRNA/circRNA
平臺及策略:HiSeq X Ten; PE150
數據量:6G,8G,10G
測序周期:30-40個工作日
miRNA
平臺及策略:HiSeq X Ten; SE50
數據量:10M,20M clean reads
測序周期:30-40個工作日