基因組測序服務介紹:
基因組測序可分為全基因組測序、外顯子測序、目標區域測序。
1、全基因組測序:利用高通量測序平臺對人類不同個體或群體進行全基因組測序,并在個體或群體水平上進行生物信息分析??扇嫱诰?span lang="EN-US">DNA水平的序列差異和結構變異,并在全基因組水平上掃描并檢測與表型差異、疾病、進化等相關的突變位點。為篩選疾病的致病及易感基因,研究發病及遺傳機制提供重要信息。
2、外顯子測序:利用探針雜交富集外顯子區域的DNA序列,然后進行高通量測序研究基因組。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略,外顯子測序相對于基因組重測序成本較低,對研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優勢。
3、目標區域測序:通過定制目標基因組區域的探針,與基因組DNA進行雜交,將目標區域DNA富集后進行高通量測序的技術手段。有助于發現與驗證疾病相關候選基因或相關位點,在臨床診斷和藥物開發方面有著巨大的應用潛力。
分析內容:
標準分析 |
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· 數據質控:去除接頭污染和低質量數據 數據統計:與參考基因比對率、測序深度和覆蓋度 變異檢測:SNP/InDel/CNV/SV檢測,注釋和統計 |
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高級信息分析 |
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群體分析 |
癌癥分析 |
復雜疾病分析 |
1、群體SNP檢測 2、群體InDel檢測 3、單體型分析
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1、成對樣本(normal-tumor)Somatic SNV/InDel檢測、注釋及統計 2、篩選出的突變與已有數據庫的比較(cosmic,dbSNP等) 3、氨基酸置換預測(SIFT,Polyphon-2) 4、篩選出的基因的GO富集分析,Pathway富集分析 |
1、NGS-GWAS a)基于低深度大樣本的關聯分析(群體SNP檢測,群體MAF估計,關聯分析); b)基于PLINK軟件的高深度大樣本或者合理選取小樣本量的關聯分析; 2、基于家系樣本的de novo mutation檢測 |
定制化分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容 |
樣品要求:
1、純度:OD 260/280值應在1.7~2.0 之間;RNA 應該去除干凈。
2、濃度:最低濃度不低于50ng/μl。
3、總量:每個樣品總量不少于4μg。
4、運輸:DNA低溫運輸(-20℃);且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好,以防出現污染;收到樣品后,甲方需要對樣品進行檢測,最終樣品的量和純度,以甲方的檢測結果為準。
測序方案:
平臺及策略:HiSeq X Ten; PE150
測序深度:≥30X