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基因組測序

基因組測序服務介紹:

基因組測序可分為全基因組測序、外顯子測序、目標區域測序。

1、全基因組測序:利用高通量測序平臺對人類不同個體或群體進行全基因組測序,并在個體或群體水平上進行生物信息分析??扇嫱诰?span lang="EN-US">DNA水平的序列差異和結構變異,并在全基因組水平上掃描并檢測與表型差異、疾病、進化等相關的突變位點。為篩選疾病的致病及易感基因,研究發病及遺傳機制提供重要信息。

2、外顯子測序:利用探針雜交富集外顯子區域的DNA序列,然后進行高通量測序研究基因組。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略,外顯子測序相對于基因組重測序成本較低,對研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優勢。

3、目標區域測序:通過定制目標基因組區域的探針,與基因組DNA進行雜交,將目標區域DNA富集后進行高通量測序的技術手段。有助于發現與驗證疾病相關候選基因或相關位點,在臨床診斷和藥物開發方面有著巨大的應用潛力。

分析內容:

標準分析

·                                數據質控:去除接頭污染和低質量數據

數據統計:與參考基因比對率、測序深度和覆蓋度

變異檢測:SNP/InDel/CNV/SV檢測,注釋和統計

高級信息分析

群體分析

癌癥分析

復雜疾病分析

1、群體SNP檢測

2、群體InDel檢測

3、單體型分析

 

1、成對樣本(normal-tumorSomatic SNV/InDel檢測、注釋及統計

2、篩選出的突變與已有數據庫的比較(cosmic,dbSNP等)

3、氨基酸置換預測(SIFT,Polyphon-2

4、篩選出的基因的GO富集分析,Pathway富集分析

1、NGS-GWAS

a)基于低深度大樣本的關聯分析(群體SNP檢測,群體MAF估計,關聯分析);

b)基于PLINK軟件的高深度大樣本或者合理選取小樣本量的關聯分析;

2、基于家系樣本的de novo mutation檢測

定制化分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容

樣品要求:

1、純度:OD 260/280值應在1.72.0 之間;RNA 應該去除干凈。

2、濃度:最低濃度不低于50ng/μl。

3、總量:每個樣品總量不少于4μg。

4、運輸:DNA低溫運輸(-20℃);且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好,以防出現污染;收到樣品后,甲方需要對樣品進行檢測,最終樣品的量和純度,以甲方的檢測結果為準。

測序方案:

平臺及策略:HiSeq X Ten; PE150

測序深度:≥30X

測序周期:30-40個工作日

收費標準 >

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